はじめに
私は企業知財部で9年間弁理士として働き、今はWeb系エンジニアとして働いています（まだ数ヶ月ですが）。
あまり需要はないかもしれませんが、誰かの参考になればと思い、両者を簡単に比較していきたいと思います。
あくまで私個人の考えなのであしからず。
比較その１ 「貢献先」
まず最初は「貢献先」です。
企業知財部は、間接部門と呼ばれるだけあって、直接的な貢献先は担当事業部門や研究部門、ひいては会社となる訳です。
したがって、社会への貢献・お役立ちも間接的に感じることになるでしょう。
例えば、「当社の製品・サービスをご購入いただいたお客様のより良い暮らしの実現に貢献している」といった実感は企業知財部にいるとなかなか得られにくいかなと思います（実際、私がそうでした）。
他方、エンジニアに限らず、開発系の職種の場合、開発で生み出した製品やサービスがお客様の生活や仕事の質向上に直結する訳ですから、社会に貢献しているという実感は得られやすいと思います。
比較その２ 「自分でコントロールできる／できない領域」
次は、自分でコントロールできる範囲の観点です。
企業知財部では、仕事でうまくいくかどうかは、相手による場面が多いです。例えば、権利取得であれば特許庁の審査官を、ライセンス交渉であれば交渉相手を納得させないといけませんので、自分だけでは決まりません。
特許庁の審査官であれば、基本的にはこちらが論理的なことを言えば、それについては納得してくれるはずですが、交渉相手となるとこちらがいかに論理的なことを言っても、相手が嫌だと思えば、納得してもらうことはできません。
したがって、自分がどれだけ頑張っても、どうしようもない場面が結構あります。
他方、エンジニアに関しては、実装したい機能等が決まればプログラムを書いて、出来るまでやるだけです（プログラムを書く以外にも仕事はありますがメインはこれ）。
そして、プログラムは正しく書けていれば、うまくいくはずですが、特に新しく導入する技術のように、知識が乏しい場合、正しく書くこと自体が難しいです。
エラーの内容を見てはググることの繰り返しで、時間だけがどんどん過ぎていくことも多々ありますが、自分がきちんと理解してさえいれば、うまくいくはずの世界です。
企業知財、エンジニアどちらにも大変な面があります。
最後に
企業知財部とエンジニアの両方を経験した身として感じた違いを2つの観点からざっと書いてみました。
企業知財部とエンジニアとで迷っている学生さんや、転職を考えている方に少しでも参考になれば幸いです。